Organisasi dan ketatalaksanaan pengelola Program Pascasarjana UNEJ sejak berdirinya dilaksanakan secara terpusat di bawah Struktur Program Pascasarjana UNEJ yang diketuai oleh seorang Direktur dengan dibantu 3 (tiga) Wakil Direktur, yang membawahi berbagai Prodi yang dipimpin oleh Ketua Prodi dengan dibantu Sekretaris Prodi. Pengelola Program Pascasarjana berkewajiban melaksanakan seluruh kegiatan ke-pascasarjana-an dalam lingkup Tri Dharma. Kurikulum Pendidikan Pascasarjana